La popularidad de los alimentos sostenibles ha llamado la atención de personas fraudulentas que bajo certificados falsos, venden productos que no son ni ecológicos ni sostenibles. Esta situación ha aumentado los casos de fraude alimentario considerablemente. 

El Departamento de Agricultura de EE.UU. ha informado de 12 casos de fraude alimentario con falsos certificados orgánicos en África, Asia, el Caribe, Europa y el Oriente Medio, desde febrero de 2011.

Un 10% del total de alimentos comprados por los consumidores podrían verse afectados por el fraude alimentario de alguna manera, estima la Agencia de Investigación en Alimentación y el Medio Ambiente (FERA) en el Reino Unido.

Las compañías de alimentos están comenzando a emplear técnicas de análisis como la cromatografía, la huella dactilar de ADN, análisis de isótopos y espectrometría de masas en sus departamentos de control de calidad para luchar contra el fraude alimentario.